Аутотрансплантация, или аутологичная трансплантация — трансплантация самому себе; при ней реципиент трансплантата является его донором. Например, аутотрансплантация кожи с неповреждённых участков на обожжённые широко применяется при тяжёлых ожогах. Аутотрансплантация костного мозга или гемопоэтических стволовых клеток после высокодозной противоопухолевой химиотерапии широко применяется при лейкозах, лимфомах и химиочувствительных злокачественных опухолях.

Последние достижения в очистке межклеточного матрикса от клеток с помощью процесса, называемого децеллюларизацией, позволили исследователям воссоздавать органы для аутотрансплантации с использованием собственных ИПСК клеток пациента, путём посева их на подложку из межклеточного матрикса, полученного из аллотрансплантата или путём 3D-биопринтинга.